Под рутом повседневно не работают. Для этого есть обычная учётка. Ну, а я сделал рута на всякий случай, например, захожу под рутом, чтобы диск переразделить (у меня /home в отдельном разделе). Как - не скажу, а то намудрите. В винде XP-шной всегда сидели как под рутом - там учётки администраторов всё равно что рут в Linux'е. А почему не под рутом в Linux'е лучше - для безопасности.