Ну, таблицы и диаграммы можно попробовать отдельно сохранить, а потом вставить у уже отформатированный файл. Проблема у тебя с оглавлением а не с таблицами. Попробуй сделать по частям: перенеси в новый файл все остальное, кроме абзацов, которые тебя интересуют, а затем в текстовом формате ту часть текста, которую собираешься форматировать. А потом отформатируй.
Пользователь решил продолжить мысль 29 Июня 2011, 22:09:35:
Проблема у тебя в том, что после нескольких преобразований формата файла, заглучило что-то связанное с опредением Заголовков. Моя идея создать эти абзацы заново, чтобы потярялось все предыдущие форматирования.