А есть ли возможность корректного завершение программ при выключении компьютера в автоматическом режиме? Так как shutdown просто убивает все процессы.
Смотрите раздел про сигналы в
man kill
в особенности сигнал QUIT.
Потом
man pkill
-- там написано, как послать сигнал по владельцу.
Однако, не факт, что все процессы смогут нормально завершиться в положенный срок.