Допустим, что сайт находится в директории /var/www, то:
chown -R www-data:www-data /var/www; chmod 2775 /var/www
cd /var/www; find -type d -exec chmod 2775 {} \; && find -type f -exec chmod 664 {} \;
Данные для FTP не потребуются потому, что он сможет и так скачать и установить необходимые файлы.
Чтобы не было вопросов, типа "почему я не могу редактировать файлы": добавь своего пользователя в группу www-data (не забудь сменить "<username>" на нужное имя):
usermod -a -G www-data <username>