Честно говоря, так извращаться не нужно, более того - вредно. Для таких штук достаточно Adblock Plus к браузеру. В пределах небольших сетей SQUID+нужные acl, про прозрачность даже говорить не буду. Так что SkyDNS не нужен.
Теперь о теме - ddclient не режет баннеры, это не его дело. Он привязывает IP к доменному имени на DNS-сервере регистратора по протоколу dyndns2 для того, что бы применить правила фильтрации. Важно, что бы все хосты обращались именно к DNS-серверу услуги, иначе эффекта не будет, о чём и сказано на сайте. ddclient нужен только в случае наличия динамического внешнего (внешний - главное условие) адреса.
Это как с PPTP у многих провайдеров
