У меня Гнома-Панель стала сильно тормозить после того, как уже лет 6 (наверно с 5.04) сижу на Убунте. Изначально наверно с 2001 или 2002 года пошло, что я сделал себе отдельный /home и ни разу его не форматировал - просто переставлял систему в новый / раздел, оставляя /home. Однажды менял разбиение винта, копировав содержимое /home в бэкап и развёртывая в новый раздел, а так вся внутренняя структура директорий сохраняется уже лет 5-6. И уж наверняка там набралось столько разных устаревших настроек от разных версий Гнома, Гнома-Панели, Гаима, Пидгина и всего-всего-всего, что только ни стояло за это время. Одно время Гнома-Панель просто тупо висла. Одно время на ней глючил апплет запущенных приложений. В последнее время в Гноме просто тупо тормозит вообще всё
А в LXDE - нормально!