Это баг в Unity. Он исправлен в Unity 5.0.
Либо подождите обновления. В любом случае в 12.04 этой проблемы не будет.
Либо установите бета версию unity, как это сделал я.
Чтобы окна пришли в порядок на текущей версии unity нужно один или несколько раз перезапустить lightdm.