Я так понимаю, что вторая батарейка может реально присутствовать. Не могу сказать где конкретно (говорят что в докстанции) и контроллер батарейки заточен на 2-е физические батарейки.
У меня этот глюк проявлялся так, что после пробуждения комп смотрел на "разряженную" (отсутсвующую) батарейку и сразу выключался. Пока к розетке не подключишь, не загрузится.
Рад если пофиксили.