Я сейчас не делаю общие папки.
Для доступа в основной системе "расшариваю" папку и потом из гостевой через сеть имею к ней доступ.
При этом если в сети несколько компьютеров, например, как у меня на работе, то получаю к нужным мне данным доступ на любом из компьютеров.
Если что-то нужно перекинуть из гостевой, то просто по сети с из нее записываю на другой компьютер.
А флешка должна быть видна нормально, как в гостевой так и основной системе. (Для ubuntu - если она основная нужно прописать пользователя).