Везет же вам - у меня вот ни одного индикатора языка нет, как включить не воткну.
А вам, как я думаю, может помочь сброс флага "show-flags" в dconf-editor, это должно отключить индикатор флажков. Собственно можно руками, а можно командой - "gsettings set org.gnome.libgnomekbd.indicator show-flags false".