Если выборочно:
-aid n
где n - номер звуковой дорожки. Эта опция применима как к mplayer'у, так и к mencoder'у. Вот только кажется мне, что контейнер mpg не может содержать больше одной звуковой дорожки (во всяком случае MPEG-2 PS). Тут нужен vob с соответствующим ifo. Т.е. уже есть смысл заняться dvd-авторингом:
Qdvdauthor
Bombono
DVD Styler
DeVeDe
.....
Пользователь решил продолжить мысль 13 Апреля 2012, 13:37:48:
И, кстати, тогда отпадает необходимость вручную конвертировать mpeg4 -> mpeg2. Вышеприведенный софт может делать это автоматом.