Просто так ничего не бывает, как говорится "90 ошибок компьютера сидит в полуметре от монитора"
я не спорю, вообще я ламер, темболее в ubuntu я не более недели, до этого был на винде
без логов мы ничем не можем помочь экстрасенсы улетели на юг
а что такое эти логи?
я решил из-за этого переустановить заново систему, переустановил. Теперь приложения в вайне запускаются, но winecfg, даже через терминал вешает всю систему с изображением пустого эмулированного рабочего стола, только в левом верхнем углу чёрный прямоугольник, даже курсор не шевелится..
А может быть такое, что установил ненужный пакет какой-то для Wine?
А тот в свою очередь что-то подстроил под себя, или как-то так....
Или пакеты не могу так делать?
Ибо в настройках Winе где-то, что-то убрал или добавил, вот может и сбои какие-то идут!
P.S.: Спрашиваю это и для себя, чтобы знать, на всякий случай... 
не знаю, может это происходит после обновлений в системе, которые производятся в Менеджере обновлений, уже второй раз замечаю, что после этого что-то начинает в вайне глюкать.. может надо сначала обновлять было, а потом уже вайн ставить...
пс у меня 10.04 lucid lynx
ппс а что такое libavformat52??
Попробуй это
rmdir .wine
winecfg
на первое отвечает rmdir: не удалось удалить ".wine": каталог не пуст