перечитал три раза - вопрос не понял.
В gnome-shell по умолчанию активен один десктоп, если вы запустите приложение на нем, то сможете активировать следующий и так далее, по моему сделано достаточно разумно, т.к. Каждый десктоп отъедает определнное количество ресурсов компьютера.