Нужно при старте передавать в Eclipse аргументы.
Из терминала всё передаётся как надо. С панели - нет.
Вот файл
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Eclipse
Comment=Eclipse Integrated Development Environment
Icon=eclipse
Exec=eclipse -vmargs -Duser.name="my.name@company.com"
Command=
Terminal=false
Categories=Development;IDE;Java;
Я так понимаю, что надо правильно заэкранировать символы, кавычки те же?