Если обновляться поверху, то глюки гарантированы. Будет постоянно сыпать ошибками. Только сиди и разбирайся с ними. Если
устанавливать "в чистую", то система один раз ругнется насчет установки видеодрайвера и всё.
Я, например, под рутом переименовал домашнюю папку пользователя, имя_пользователя
_old. При установке форматировал всё, кроме
/home. Потом из рабочей системы всё перенес из имя_пользователя_old в новую домашнюю папку все необходимое.
Удалять все скрытые папки без разбора не рекомендую, т.к. среди них есть кое что полезное. Например, .skype и .purple содержат историю логи и аккаунты скайпа и аськи (pidgin), в .dc++ все настройки одноименного DC++ клиента, в .filezilla все Ваши сохраненные FTP сессии, итд итп.
