Тут,извините,не совсем remastersys и виноват,точнее,он вообще ни причем.
Видите ли,когда remastersys установлен,он читает из системных настроек,какой менеджер загрузки установлен за главного (dpkg-reconfigure lightdm[kdm,mdm,gdm,xdm] и начиная работу,remastersys,соответственно,сам выкачивает или ставит в дефолт подходящий фронтенд ubiquity (ubiquity-frontend-gtk,ubiquity-frontend-kde),но когда вы его (remastersys) устанавливаете,вам следует явно заявить,какую морду ему следует натянуть:
$sudo aptitude install remastersys ubiquity-frontend-gtk - к примеру никаких левых пакетов от кед за собой не потянет...Кстати,прекратите ставить важные системные программы и библиотеки через synaptic или,даже apt-get - используйте aptitude,меньше словите проблем с зависимостями в системе...
Теперь,что касается самого сабжа:хотя у нового remastersys из реп под oneiric&precise интерфейс и более вылизанный и с виду более удобный,но на деле это не так - эти версии сами себя прописывают в системные инит-скрипты,затем сами себя из них удаляют,иногда не слишком корректно,после чего становятся неработоспособны без полной переустановки и это - is not true .
Рекомендую вам использовать проверенный временем remastersys из репы для ubuntu karmic:
$sudo bash
$#echo 'deb
http://www.geekconnection.org/remastersys/repository karmic/' >> /etc/apt/sources.list
$#exit
$sudo aptitude update;sudo aptitude install remastersys ubiquity-frontend-gtk ubiquity-artwork ubiquity-slideshow-ubuntu ubiquity-frontend-debconf casper ubiquity-casper aufs-tools unionfs-fuse mhddfs syslinux extlinux -y && sudo aptitude reinstall initramfs-tools squashfs-tools - эта версия remastersys работает без сбоев и прекрастно управляется с версиями ubuntu 9.10,10.04,10.10,11.04,11.10,12.04,12.10,причем конфиги этой версии и casper реально позволяют задать собственное имя хоста и имярек пользователя на выходных live CD/DVD.В новых версиях remastersys этого добиться практически невозможно,хоть там и вынесены похожие настройки в GUI,но на выходе всё равно либо $custom@custom,либо $user@user,вместо $heaven@god %-))...
P.S.:Обратите внимание на маленькую,но мощную утилитку fsarchiver,не пожалеете...