Отвечу как частый пользователь "окошек", пользователю "окошек" - это не "окошки".

Плагины написаны разными людьми в разное время и ведут себя по-разному. Может быть по Xubuntu Вам к тои поможет (там настройки специфические, да и глюков пока хватает), но когда у меня была Ubuntu 10.04 c Gnome2, там была таже проблема.
Хотите изменения трея по высоте и систематизированных настроек? Тогда посмоттрите в сторону Кubuntu. Там, конечно, свои глюги, но "плазма не падает"

, и уж точно всё одинаково управляется (плюс, немного похоже на W7).
