Можно, например, так:
for i in 1 2 3 4 5 6; do
ffmpeg -f alsa -ac 1 -i hw:1,0 -acodec libmp3lame -ab 64k -ar 44100 -t 01:00:00 "capture$i.mp3"
done
т.е захват шести фрагментов по одному часу с alsa-устройства hw:1,0, моно, mp3, 64Kbps, 44,1 kHz. Все параметры, разумеется, индивидуальны.