Выполнение приложения вдруг резко замедляется без видимых на то причин. Почему?

[Robotex]

Прошу вас взглянуть на код: https://github.com/NicholasShatokhin/OpenNNL а именно на функции _changeWeightsByBP и _changeWeightsByIDBD в файле opennnl.cpp. Вторая функция имеет дополнительные вычисления и нуждается в большем количестве памяти. Она медленнее первой, но по идее не на слишком. При этом когда я запускаю обучении нейронной сети на 60000 примеров с использованием второй, процесс резко замедляется после обработки примерно 2700 примеров, хотя первая работает одинаково быстро на всем множестве. Подозреваю, что это Ubuntu каким-то образом замедляет приложение. Почему такое может происходить и как с этим бороться?