Так же есть смысл сделать отдельный NTFS-раздел под данные. В Windows будет как "D", в Ubuntu примонтируется в /media. Один из вариантов: отдать под данные тот винчестер который больше по объёму (или надёжнее/новее), а на другой поставить и Windows и Ubuntu, естестевенно поставив его в Биос загрузочным и установив именно на него Grab.