Я конечно понимаю, что может эти файлы заблокированы как-то или требуют рута на чтение, но какой тогда смысл в бекапе?
Подскажите пожалуйста, как позволить программе читать все что угодно.
Если некоторые файлы не блокировать, то хвалёная безопасность дистрибутивов на базе Linux и *BSD окажется дырявой как у Мелкомягких.
Помню, в M$-Win95 можно было заходить на шару //ip-адрес/$C, брать _любой_ файл и смотреть что внутри. Обычно смотрели файлы с dial-up паролями на соседних ip-адресах - интернет доступ тырили, и перепродавали пароли к чужим аккаунтам.
Позволить всё - можно. Но периодически появляются человеки, которые убивают этим свою систему и важные данные, вместе с бекапом. Просто по причине необдуманности действий и наплевательства на золотое правило - не работай под root. Ничего личного - статистика.
Теперь, когда я отказался от ответственности:
Для запуска GUI программы под root пишешь в консоли:
sudo su
nohup имя-программы 1>/dev/null 2>/dev/null &"имя-программы" выясняешь через поиск на диске *desktop файлов. Где-есть файл с именем типа "*deja*dup*desktop", или иное, но очень похожее имя. Обычно они все где-то в
/usr/share/app-install
/usr/share/application-registry
/usr/share/applications
Бывали исключения.
В найденном файле ищешь строку "Exec=". После знака равно идёт то, что надо вставить вместо "имя-программы".
Если прав доступа всё равно мало, то надо крутить правила AppArmor. Однако, если дошло до этого, то значит ты неправильно что-то понял, и файлы эти тебе либо не нужны в бекапе, либо их один-два таких нужных, и ты сам хорошо знаешь как их либо быстро создать с новья, либо взять откуда-то ещё.
"В этом море есть множество подводных рифов". Некоторые файлы не совсем файлы - их надо исключить из бекапа. Например, /proc это не совсем обычные файлы, это некие спец.объекты, которые создаются на лету и бекапить их не надо пытаться.
Если тебе бекапить всю систему. Можно научиться пользоваться Clonezilla. А бекапить только /etc целиком + /var/cache/apt/. При этом в файле "/etc/apt/apt.conf.d/20archive", должно стоять:
APT::Archives::MaxAge "0";
APT::Archives::MinAge "0";
APT::Archives::MaxSize "0";
Последнее позволяет остановить очистку кеша установленных пакетов, позволяет в любой момент в полном оффлайне переустановить всё.
Можно не использовать Clonezilla. Бекапить /home, /etc, /var/cache/apt/. При форсмажоре переустановить систему начисто, вернуть пакеты в кеш в /var/cache/apt/archives, установить их все через
dpkg -i /var/cache/apt/archives/*deb, вернуть на место /home, вернуть на место избранные файлы из /etc (обычно /etc можно восстанавливать по ходу пьесы - по мере жизни и необходимости).
Отличная идея - сделать '/home' в отдельном разделе диска, отдельном от '/'.
Раздел под '/' можно выбрать в 16-20Гб. Если на '/' не хватит места под /tmp, то потом всегда можно переписать в /etc/fstab через опцию-инструкцию bind монтирование к каталогу /tmp каталога вроде /home/tmp, где куда больше места(обычно). Если это вообще понадобится.
P.S. Clonezilla имеет свой Live-CD, но ещё она есть в составе Live-CD Parted-Magic. В Parted-Magic есть кучка других полезных для форсмажора утилит и Parted-Magic даёт графич.интерфейс. Утилиты полезны для преодоления форсмажора, но они же прекрано умеют легко и быстро создать этот форсмажор, проблемы и потерю _всех_ данных. Аккуратнее там, не надо делать что-либо, если нет понимания как оно работает.
P.S.S. Совсем забыл.
Теорема: число людей, умеющих делать бекап, больше числа людей, умеющих восстановить данные из бекапа.
Доказательство: погуглить на этот счёт.

Реально так. Забекапить могут, но восстановить - нет. И данные пропадают.
Причём, туда же вляпалось даже NASA. У них есть кассеты с ранними, с прошлыми данными со спутников. Но данные в проприетарном формате, документация на формат уничтожена, магнитофоны создававшие ленты - уничтожены. Есть банк данных, абсолютно бесполезный, т.к. даже непонятно, что именно должно получиться после "расшифровки". Ну и бывают такие же горе бекаперы.