Не думаю, что это так ужасно, стандарт это flac, а переконвертировать в него не сложно, тем более качество звучания от этого не может измениться. Я вот например могу слушать APE нормально, я использую image+cue в deadbeef, но несмотря на это, я ape и другие форматы lossless в коллекции всегда перевожу во флак, если у вас ubuntu,то для этой цели можно использовать графическую программу soudconverter. Искренне рекомендую, и не будет у вас глюков, уже сейчас, а не когда баг исправят.