Ты редактируешь
/etc/apache2/site-available/default
или
/etc/apache2/sites-available/default
?
Апач вроде запускается от пользователя www-data, у него есть своя домашняя папка. Может дело в этом…
Команда
cat /etc/passwd | awk -F: '$1 ~ /www-data/ {print($6)}'
у меня выводит
/var/www
Что у тебя?