Есть несколько извращенный способ

Потребуется логиниться из консоли, после чего запускать башскрипт, который:
— будет использовать команду startx для запуска X-сессии (откроется ваш десктоп без юнити);
— вырубит компиз к чертовой бабушке (предварительно надо запретить компизу обрамлять окна);
— запустит нужную вам программу которую вы введете в качестве аргумента.
в принципе способ должен работать, правда придется поковыряться чуть-чуть и, возможно, поэкспериментировать.
После завершения работы с программой надо будет вернуться в консоль и убить X-сессию по CTRL+C
