Опять надо догадываться.
1. /home где, отдельным разделом?
2. Сторонние репы при обновлении блокируются, они поддерживают новый дистрибутив?
3. Некоторые принципы работы DE изменяются, например:
отображение ярлыков рабочего стола по умолчанию
gsettings get org.gnome.desktop.background show-desktop-icons false
, а чтобы их показать, надо
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true
таких примеров масса, вы не хотите читать о новых изменениях в релизе?
Если обновлялось с помощью "update-manager -d", то все настройки окружения там, где и должны быть -- в /home/<user> (при условии включения 2)
Если обновление с чистого листа, то перед обновлением выносите /home на отдельный раздел или бекапьте его и ручками правьте то, что вам нужно.
Да, что-то летит, и это что-то на 95% от сторонних реп. (У меня даже тема иконок кочует из 11.04, репа давно сдохла, tools не установлен, но иконки в ~/.icons, и работают как часы).
nuff said