Ну вообщем сносил все до основания ubuntu-desktop, compiz, unity и много что еще, ставил заново десктоп. Вроде все поставилось. Сейчас уже зашел в ubuntu через ubuntu-desktop, но webapps так и не заработало. В принципе и фиг с ним, главное чтобы постоянно приложения не закрывались.
Чего хотел вроде наверное добился, нет пакетов с нарушенными зависимостями. Или я их не вижу.