Настройки менять не понадобилось, старый раздел /usr был отформатирован и перемонтирован в /media/data. Теперь система не пытается взять старые настройки с прошлой конфигурации и не выдает экран с ошибкой и выбором - исправить или пропустить. Видимо система выдает такие ошибки если примонтирован несуществующий раздел, примонтирован неверно или просто с ошибкой или опечаткой, решение - внимательное и аккуратное редактирование файла /etc/fstab