maloicds,
пади скрипт /home/user/script.sh в винде писал? там естественно \r\n на конце стоит. бида, бида!
Как правильно заметили никаких chmod не надо. надо просто пользователя www-data запихнуть в группу dialout
yurik@yurik-pc:~$ sudo usermod -a -G dialout www-data
yurik@yurik-pc:~$ id www-data
uid=33(www-data) gid=33(www-data) группы=33(www-data),20(dialout)
и сделать
sudo service apache2 restart
P.S. блиииин... помню как раньше так же извращался =)