Интересно .... У меня 12.04 - стояла только с Unity, поставил дополнительно Cairo-dock, через какое то время стали появляться ошибки compiz-за при загрузке системы. Как следствие, не стартовал ни Сairo, ни Unity 3d. Прописал в автозагрузку compiz --replace - все заработало. И в настройках Compiz стояла галка на Unity.
После решил доустановить Gnome Shell. И теперь тема такая - Unity 3d стартует только если Compiz включен в автозагрузке с включенным параметром Unity, что интересно,всегда, даже если выбрать в сеансе Gnome Shell!!

Причем видно, как в момент старта сначала появляется панель Gnome и здесь же ее заменяет панель Unity!
Если выключить Compiz в автозагрузке - Gnome Shell работает нормально. Unity 2d тоже норм, и еще Gnome Classik (no effects). Просто в Gnome Classik нет оформления окон, и при старте Unity 3d - только значки рабочего стола!
Compiz переустанавливал, Unity тоже, настройки удалял...
Вообще то особо не напрягает - скоро все равно на 12.10 переходить.