ezekutor, просто внутри файла fastcgi_params происходит определение переменных окружения. Если же в этом файле будет определена SCRIPT_FILENAME (например как по умолчанию), то данная переменная будет переопределена. Поэтому, желательно в начале определять переменные по умолчанию, а затем переопределять нужные в соответствии с настройками конкретного сервера.