denkin, проверил на версиях 4.0.0.х, такая же бяка, откатился на 2.2.0.35, там нормально. может это как-то связано со вчерашним обновлением kde до 4.10, хотя не уверен после чего стало отваливаться, пока так оставлю.
p.s. перепробывал ядра до 3.8 и skype (всё которые нашел 4-й версии), всё тот же эффект, теряет микрофон до входа в настройки.