Можно создать subdirs project и просто добавлять в него подпроекты, переключая цель сборки на панели режимов. Можно использовать консольную утилиту qtpromaker для генерации *.pro. Можно открывать через Import existing project.
Компилировать и запускать одиночные файлы из среды нельзя, потому что компиляция C++ кода почти всегда требует дополнительной информации (флаги и пути поиска заголовков) и приводит к генерации файлов.