Да ладно, Blender, мягко говоря, не совсем для этого. А чтобы вытянуть звуковую дорожку из одного фильма и вставить в другой не нужен паровоз. Допустим, video.mkv - фильм с нужной видеодорожкой, audio.mkv - соответственно со звуком:
ffmpeg -i video.mkv -i audio.mkv -f matroska -map 0:0 -vcodec copy -map 1:1 -acodec copy -y output.mkv
Это пример, но если во входных файлах имеет место зоопарк аудиодорожек - указываете нужное в картах потоков.