san-alex,
Qt. Именно поэтому иконка скайпа при установке из репозитория работает как индикатор (sni-qt вместе с ним ставится. Если ставить с сайта, этот пакет не установится по зависимостям). В версии до 13.04 можно было путем удаления указанного пакета и добавлением скайпа в whitelist показывать иконку в обычном виде. Можно и в 13.04 установить патченную юнити с поддержкой трея, но проще привыкнуть к индикаторам.