Дело было так: довольно давно пользуюсь тёмной темой, в которой у папок чёрный фон с серыми буквами. Недавно, при подключении внешнего проектора к нетбуку и попытке отконфигурировать монитор, чтоб картинка на основном мониторе и проекторе была одинаковая, а не расширялся рабочий стол на 2-й монитор, нетбук завис и его пришлось аварийно выключать. Теперь при каждом включении выскакивает сообщение:

При этом тема не до конца применяется. Например папки стали обычными - белый фон, чёрные буквы. Если запустить Nautilus с правами суперпользователя (sudo nautilus), то там всё нормально.
Подозреваю, что ошибка в файле, в который записывается конфигурация монитора, причём, скорее всего он лежит в /home.