обновляйтесь до 4,11. возможно, будет работать чуть медленнее(хотя у меня наоборот стало работать быстрее и лучше).
при желании можно будет откатить обратно до 4,8.
если всё-таки боитесь, что будет нестабильность, то можете скачать все пакеты сами и собрать из исходников.
Видимо поэтому система стала работать медленнее, когда я в 12.04, когда я обновился...

А собирать из исходников - дело полезное, но пока не для такого дилетанта как я.
Узнал один из вариантов решения:
1) загрузиться (при этом значки смещены)
2) набрать в терминале xkill и нажать на рабочем столе, чтобы перезагрузить его (при этом значки становятся на месте)
3) перезагрузиться... при этом, в окне выбора (выход, перезагрузка, выключить и т.п.) поставить галочку "сохранить сеанс" (возможно, лучше, чтобы перед перезагрузкой все приложения были закрыты).
4) снова перезагрузиться, но уже со снятой галочкой.
Теперь при каждой загрузке будет загружаться всё в том виде, в котором сохранилось в пункте 3 (то есть с исправленным положением значков).
За мысль спасибо iLi0ni из гугл-ответов.
