В настройках Nvidia X Server на вкладке PowerMizer, есть настройки по этому поводу, если видеокарта поддерживает.
Там уровни производительности. Если видеокарта понижает частоты в простое, то всё будет холодно.
"Adaptive Clocking: Enabled" - должно быть на той вкладке.
У меня была GTS 450 (тот же GTS 250, только чуть новее), штатная температура была 30 градуссов. Сейчас 35 градусов и GTX 560, в винде думаю так же ибо куда уж холоднее.