Теперь понятно почему так не любят юнити =(, есть только один способ но он плохой.
с помощью gsettings или dconf можно редактировать бд dconf который сильно напоминает реестр винды =), дожили.
нам надо получить строчку "favorites" из схемы "com.canonical.Unity.Launcher" и отредактировать её, судя по всему это серриализованный массив, но стандартных утилит по корректному добавлению или удалению элементов нету =(, придется быдлокодить. Тут всплывает еще один косяк юнити, в разных версиях юнити ярлыки записаны по разному 'application://appname.desktop' для unity7 и 'appname.desktop' для юнити5
Писать класс для корректной обработки данных не стал, т.к. это должны были сделать в каноникле, зато сделал bash скрипт.
favorites=$(gsettings get com.canonical.Unity.Launcher favorites)
favorites=${favorites%%]}
favorites="$favorites, 'application://appname.desktop', 'appname.desktop']"
gsettings set com.canonical.Unity.Launcher favorites "$favorites"
после этого у нас появится нужный значок в панели, некорректные записи удалятся после ручного добавления и удаления ярлыков.