Какая версия 1С?
Как работать планируете (локальный доступ, сетевой вариант, SQL версия)?
Месяц назад перевел бухгалтерию на СПО. 1C 7.7 сетевая версия, работают 4 бухгалтера на терминальном сервере Ubuntu 12.04 + Wine Etersoft + FreeNX. Пока проблем нету, правда с настройками пришлось помучится. Локальная версия вообще без проблем работала, редакции разные были.