Теоретически в процессе загрузки явно можно временно скопировать корень в tmpfs (т.е. RAM), перемонтировать его, дальше сделать modprobe -r (ваш драйвер USB контроллера), потом modprobe (он же), в результате устройство переподключится, а потом корень перемонтировать на нужный раздел, но как это технически сделать, не спрашивайте, не знаю, надо разбираться...