Подключаюсь к вопросу, та же самая беда с eclipse (работают только пункты edit, navigate и scripts), кроме того пропали вообще все пункты меню (файл, изменить, вид, история, справка, etc) в приложениях Google Chrome (самое интересное, что в Хромиуме работет) и в опере.
Также обратил внимание, подтормаживает глобальное меню в гимпе -> все подменю раскрываются медленно.
И еще пару дней назад пропали пункты меню для всех открытых приложений (около 10 разных) кроме (как ни странно) eclipse, (тогда помогла перезагрузка системы).
А еще при загрузке eclipse как-то странно отображается загрузочное окно (лишний паддинг снизу и немного справа) на трех разных версиях:
система: ubuntu 13.10
p.s. В 13.04 все работало на ура..