Здравствуйте!
Вместо домена sub.domain.ru открывается виртуальный хост по умолчанию (который без ServerName и первый в списке виртуальных хостов). Остальные же виртуальные хосты, например, anotherdomain.ru открываются как положено(открывает контент из нужной папки).
Мне не понятно, почему домен sub.domain.ru попадает под правило виртуального хоста по умолчанию.
При отключении хоста по умолчанию (sudo a2dissite default) домен sub.domain.ru начинает работать правильно.
Самое странное в том, что настройки вирт.хоста sub.domain.ru не отличаются от нескольких других, за исключение того, что он привязан к домену 3-го уровня.