Пакеты скачанные при установке нового ПО и обновлении старго лежат в кеше APT (/var/cache/apt/archives/).
Но это пакеты перед установкой и это кеш (с.но оттуда можно смело почти все снести).
При установке - из пакета файлы раскидываются по куче системных каталогов.
По целям - не ясно зачем вообще бекапить приложения? Все настройки пользователя (сохраняемые настройки приложений) хранятся в /home/<username>, а то что раскидано по другим системным каталогам - как правило не изменяется (упользователя просто прав нет на это). Поэтому при необходимости - приложение ставится заново из репозитория, а настройки оно берет из /home/<username>. Поэтому бекап /home/<username> - это в принципе - вполне достаточно для восстановления работоспособности любого приложения.