fugu, есть ещё Scribus, но он больше для публикаций, поглядите, может понравится.
А защитить любой готовый pdf можно при помощи pdftk. Защита, конечно у PDF смешная, но от нубов поможет.
pdftk some.pdf output drm.pdf owner_pw someSecret encrypt_128bit allow printing
Читалки под Ubuntu защиту игнорируют, только адобовский вьювер её считает нужной.