Добрый день. У меня та же проблема,

но, думаю, это дело не в браузере, а либо в механизме предоставления доступа к общим папкам VirtualBox, либо в драйвере Ubuntu. Что-то кеширует файлы, причем я еще не нашел закономерности и кажется, что это происходит случайным образом.
Реальная ОС у меня - Win7.
Гостевая - Ubuntu 14.04 LTS.
Сервер в гостевой - nginx + php5-fpm (через сокет).
Иногда не апдейтятся php-скрипты, то есть:
1) создаем php-скрипт из-под реальной ОС, пишем туда некий Код1;
2) открываем его в браузере (через прокинутые порты соединяемся с сервером nginx, тот отправляет запрос php, этот считывает скрипт из примонтированной расшаренной папки) - работает Код1;
3) модифицируем код из-под реальной ОС в некий Код2, сохраняем файл;
4) обновляем страницу в браузере - работает Код1.
Код1 выводит динамические данные, каждый раз разные (например time()), так то очевидно, что кеширование происходит не внутри цепочки php<->nginx<->браузер!
UPDЕще нюанс - при запросе php-скрипта, было указано расширение .jpg, скрипт работает через директиву nginx try_files: если файл не найден, запускается скрипт, который качает его с другого сервера и выдает.