Photorec не восстанавливает диск, он тупо шарит по нему, находит незатёртые файлы и сохраняет их в папке назначения (обычно там, откуда запустили). Можно указать тип файлов, которое ему искать. Поэтому он и работает не зависимо от ФС, потому как гребет данные прямо в "сыром" формате с диска, а там нет ни папок и прочей сортировки.