У меня точно такая же проблема. Загружал с загрузочной флешки, менял саму флешку, менял версию образа, (Uduntu V.13)менял универсальный инсталятор при создании флешки, по инструкции в ручную размечал разделы жесткого диска,с установкой файловой системы и точки монтирования разделов,всё одно победить пока не смог. Загрузка системы проходит успешно но после перезагрузки и переназначения boot в биосе( ставлю HDD первым а flech-USB вторым устройством),без флешки на дисплее появляется надпись-нет загрузочного устойства, установите загрузочный диск. Если включить с загрузочной флешкой то появляется меню GRUB.