Ладно, немного не точно сформировал мысль: добавил safe_ports для NTP чтобы точно быть уверенным, что не блочится правилом http_acess deny !Safe_ports
Понимаю, что по-идее прозрачный прокси не должен мешать процессу синхронизации времени, но...
На шлюзе открытый фаерволл.
Из работающих служб только dns, dhcp и squid.
Что может блочить NTPD и почему это происходит предположить даже...