Насколько я знаю, это можно сделать, сменив тему GTK+, но вместе с этим могут измениться и другие элементы (например, оформление кнопок или что-нибудь еще). Либо же отредактировать конфиги стандартной темы. Это просто, заменить только значение цвета и сохранить под старым/новым именем.