Как сделать правильно, я не знаю, а у себя я использую отредактированный
мною файл раскладки, т.к. я привык к фонетической раскладке.
Вы можете сделать так же для своих изменений. Например, отредактировать файл
/usr/share/X11/xkb/symbols/ru , а оригинальный перед этим сохранить с другим именем.
Или получить его командой
xkbcomp $DISPLAY -o ru_my.xkb
отредактировать его и при входе в систему загружать командой
xkbcomp ru_my.xkb $DISPLAY